Сюжет сериала «Сегун» разворачивается вокруг событий, происходящих в начале XVII века в средневековой Японии. Торговый корабль «Эразм», отплывший из Голландии, в некий момент терпит кораблекрушение, в процессе чего вынужденно отклоняется от своего маршрута. Спустя короткий период времени после этого неким чудом выжившим морякам, среди которых оказывается также лоцман Джон Блэкторн, удается причалить к берегам абсолютно не знакомой им прибрежной деревни. Однако уже вскоре становится понятно, что они оказались у берегов японского острова Кюсю, где на них сразу нападают местные самураи, предводителем которых является Касиги Оми. Он вместе со своими воинами сразу же отводят плененных чужеземцев в яму, которая является подземной тюрьмой, после чего они захватывают также весь груз, находящийся на голландском судне.
Невзирая на сложившиеся обстоятельства, Джон, являющийся образованным англичанином, не теряет надежды выбраться из злосчастной ямы. Ввиду этого, он прибегает к самым разнообразным уловкам, всячески стараясь привлечь внимание японцев к своей личности. И он не прогадывает. Ведь спустя короткий период времени на него обращает внимание сам Касиги Ябусиге – правитель провинции Идзу, который, к тому же, является родным дядей Касиги Оми. Но на этом успех Блэкторна не заканчивается. Вскоре после этого им также начинает интересоваться сам дайме Еси Торанага – один из влиятельных феодалов, которому принадлежат многочисленные земли у островного побережья. Торанага сразу удается разглядеть в молодом иностранце большой потенциал. Ведь тот блестяще разбирается как в точных науках, так и военном деле. Именно поэтому дамье принимает решение оставить этого молодца при себе, т.к. тот может быть ему полезен.
Вскоре после этого Джон начинает вести благополучную жизнь, постепенно знакомясь с культурой и традициями Страны восходящего солнца. В качестве переводчицы к нему приставляют молодую девушку Марико, которая, к его большому удивлению, является христианкой. При этом вера абсолютно не мешает ей блестяще справляться с самурайским долгом. Новоиспеченным знакомым очень быстро удается найти общий язык. Более того, между ними возникает взаимная симпатия, несмотря на то, что Марико уже состоит в браке с Тода «Бунтаро» Хирокацу. И именно в это время Япония оказывается на грани развязки масштабной гражданской войны. И уже вскоре против Торанаги, которому многие пророчат звание сегуна, назревает заговор, во главе которого оказывается его соперник – властолюбивый лорд Исидо Кадзунари, давно грезящий стать сегуном.